A Secretaria Municipal de Saúde, órgão da gestão administrativa, além de outras funções que lhe são próprias, compete:
I - articular junto a outras esferas governamentais do Estado e da União, na execução de suas ações;
II - garantia de serviço ambulatorial médico-hospitalar;
III - garantia de serviço com o médico da família, em parceria com outras esferas de governos;
IV - dar atendimento odontológico de necessidades básicas;
V - controle epidemiológico e de doenças infecto-contagiosas;
VI - desenvolvimento do controle de higiene e saúde pública nos estabelecimentos comerciais do Município;
VII - garantir o acesso dos cidadãos Jaciarenses participantes do Programa SUS;
VIII - manter controle da população com vacinação em suas campanhas;
IX - administrar e controlar a execução orçamentária e financeira;
X - zelar pelo bom funcionamento e conservação dos veículos necessários para a execução dos serviços de sua responsabilidade;
XI - planejar, gerenciar e organizar as dotações orçamentárias atribuídas à Secretaria em todas as suas fases;
XII - executar outras atribuições afins.